月牙泉是人工的。关于月牙泉的起源主要有四种说法，三种是自然形成，一种是说人工开采。但是，现在的月牙泉确实是人工的。20世纪70年代中期，当地垦荒造田抽水灌溉及周边植被破坏、水土流失，导致敦煌地下水位急剧下降，月牙泉的水位也急剧下降。因此，敦煌市采取了多种方式给月牙泉补水。
月牙泉是人工的还是天然的
月牙泉存水最少的时间是在1985年，那时月牙泉平均水深仅为0.7～0.8米。由于水少，当时泉中干涸见底竟可走人，而月牙泉也形成两个小泉不再成月牙形。从2000年开始，敦煌市采取应急措施，在月牙泉周边回灌河水补充月牙泉水位，使月牙泉暂时免于枯竭。
2004年的水位下降至1.3米，泉水面积减小到7.8亩。月牙泉水位在1米左右回旋，如果不进行根本性治理，月牙泉这一世界级遗产将面临干涸枯竭的危险。随着国家开发银行2000万元贷款落实到位，月牙泉水位下降应急治理工程也将于2006年年底开工。 将通过“节水”、“补水”、“引水”等多种方式来解救月牙泉。
随着甘肃敦煌月牙泉应急治理工程部分投入使用，月牙泉水位不断回升。敦煌月牙泉再生“子泉”，出现“三泉相依” 奇观。，这也使得月牙泉变成了人工养殖的“泉水”。
